Самый прямой путь к фамилии Кухнина лежит через слово «кухня» — но не в современном значении помещения, а в старом, профессиональном. В русских говорах «кухня» могла означать поварню, стряпную, а «кухмистер» (от немецкого Küchenmeister) — повара или содержателя кухни. Впрочем, для фамилии достаточно и простого «кухня»: так могли прозвать человека, который работал при кухне — повара, кашевара, стряпуха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кухнин — сын Кухни, то есть потомок человека с прозвищем Кухня.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -а, -я давало основу, к которой добавляли притяжательный суффикс. Женская форма Кухнина — это либо дочь Кухни, либо жена Кухнина. В документах фамилия встречается в основном в центральных и северных областях России, где слово «кухня» бытовало в бытовом значении. Встречается и вариант Кухнин, но Кухнина — не редкость, особенно в Вологодской и Костромской губерниях.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с диалектным «кухна» (неопрятный человек, неряха). В некоторых говорах так называли того, кто «кухнается» — возится, пачкается. Если это так, то прозвище носило скорее бытовой, насмешливый характер, но вряд ли прижилось бы в качестве основы для фамилии — слишком уничижительно. Более правдоподобно всё же профессиональное происхождение: поварское ремесло было уважаемым и давало устойчивые прозвища.

В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» нет прямой статьи о Кухнине, но модель с суффиксом -ин от основ на -я описана как стандартная. Среди однокоренных — фамилии Кухтин, Кухта, Кухтенков, но Кухнина стоит особняком: её основа прозрачна, а значение — одно из самых «вкусных» в русской ономастике. Так что предки носителя фамилии, скорее всего, кормили людей — в барском доме, в трактире или в артели.