Фамилия Кухтарова — женская форма, мужской вариант — Кухтаров. В её основе лежит прозвище или нецерковное имя Кухтарь. Разбирать эту фамилию стоит с конца: суффикс -ов указывает на типичную русскую модель образования отчества или фамилии по отцу («чей?» — Кухтарев, то есть сын Кухтаря). Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Кухта́ров.

Главная загадка — слово «кухтарь». В русских говорах, особенно северных и сибирских, «кухта» — это пушистый иней на деревьях, изморозь. Отсюда «кухтарь» — человек, который либо родился в такую погоду (по народной традиции давать имена по явлениям природы), либо получил прозвище за внешность: седой, беловолосый, с пушистыми бровями и ресницами. Версия с инеем — самая прямая и правдоподобная, её поддерживает и то, что фамилия географически тяготеет к северу и Сибири, где слово «кухта» было в ходу.

Есть и другая, более редкая версия: от глагола «кухтать» — кутать, укутывать. В этом случае Кухтарь — тот, кто кутается, либо, наоборот, тот, кто кутает других (например, мастер по изготовлению тёплой одежды). Но эта гипотеза слабее: глагол имеет форму «кутать», а «кухтать» — диалектный вариант с сомнительной этимологией.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кухтин, Кухта, Кухтенков) показывает, что все они восходят к тем же диалектным корням. Фамилия Кухтарова не дворянская и не книжная — она крестьянская, возникла в среде простых людей, которых называли по примете или по погоде. Встречается она нечасто, но стабильно фиксируется в Вологодской, Архангельской областях и в Зауралье.