Фамилия Кухтоеков — редкая, с трудно читаемой на слух основой. Её форма сразу указывает на нерусское, скорее всего тюркское, происхождение. Суффикс -ов говорит о том, что фамилия обрусела и была оформлена по русской модели притяжательных прилагательных: «чей?» — Кухтоеков, то есть сын (или потомок) человека по прозвищу Кухтоек.

Разбор основы — самая сложная часть. В ней можно выделить два компонента: «кухт» и «ек/ок». В тюркских языках распространён аффикс -ек/-ок, образующий уменьшительные или ласкательные формы имён (сравните: Темир — Темирек, Айдар — Айдарек). Первая часть «кухт» может восходить к слову «кухта» или «кукта». В ряде тюркских наречий (например, в казахском, ногайском, кумыкском) «кухта/кукта» означает «набухший», «вздутый» или «покрытый коркой» (например, о ледяной корке на дереве). В переносном смысле так могли назвать человека плотного телосложения, медлительного или даже угрюмого — «надутого». Есть и другая, менее вероятная версия: связь с диалектным русским словом «кухта» — «снег на ветвях» или «иней». Но в таком случае фамилия скорее звучала бы как Кухтин или Кухтов.

Таким образом, наиболее правдоподобно, что в основе фамилии Кухтоеков лежит тюркское прозвище Кухтоек — «маленький плотный/надутый». Фамилия могла возникнуть в среде татар, башкир или других тюркоязычных народов Поволжья и Приуралья, которые в XIX веке массово получали русские фамилии на -ов. Географически носители Кухтоековых встречаются в Оренбургской области и Башкортостане, что косвенно подтверждает эту версию.

Словообразовательная модель здесь нестандартна: сначала к исходному корню добавили тюркский уменьшительный суффикс -ек, а затем уже на готовую основу нарастили русское окончание -ов. Такая гибридная конструкция — верный признак того, что фамилия формировалась на стыке культур, в зоне активного русско-тюркского языкового контакта. Фамилия Кухтоеков не имеет отношения к дворянству или известным историческим родам — это типичная поздняя фамилия крестьян или казаков, получившая письменное закрепление в метрических книгах во второй половине XIX века.