Фамилия Кукузю — редкий случай, когда географическая привязка очевиднее, чем лексическое значение. Если вы её носитель, скорее всего, ваши корни ведут на запад Украины или в Молдову. Фамилия образована по молдавской или западноукраинской модели без суффикса: к основе прозвища Кукуз просто добавили окончание -ю (как в фамилиях Грицю, Костю, Андрию). В русской традиции такие фамилии почти не встречаются, зато в Черновицкой и Одесской областях, а также в Бессарабии — вполне.

Основа «кукуз» имеет два правдоподобных объяснения. Первое — от украинского «кукурудза» (кукуруза). В говорах это слово могли сократить до «кукуз», и прозвище мог получить либо земледелец, торговавший кукурузой, либо человек с жёлтыми зубами — по цвету початка. Второе, более редкое — от румынского «cucuz», что означает «кукушка» или, в переносном смысле, «беспечный человек». В пользу первой версии говорит распространённость кукурузы как основной культуры в тех краях: прозвища по продуктам питания давали часто, а вот «кукушка» — более типичное прозвище для одинокого или неоседлого человека.

Суффикса -ов или -ин в фамилии нет, что указывает на её позднее закрепление — скорее всего, уже в XIX веке, когда на юго-западных окраинах Российской империи фамилии нередко записывали в урезанной форме, без родового окончания. В метрических книгах можно встретить вариант Кукузя — с ударением на последний слог. Фамилия осталась малой, не разошлась широко за пределы ареала: по переписям, основные носители живут в сёлах Винницкой и Хмельницкой областей, а также в Молдове.

В отличие от фамилий Кукушкин или Кукуев, где корень прозрачен, Кукузю сохраняет местный колорит. Если ваши предки — крестьяне из Подолья, то прозвище, скорее всего, было связано с кукурузой: либо выращивали, либо торговали на базаре. Если же фамилия встречается у молдаван — возможна и «кукушечья» версия, но она менее вероятна: в румынской ономастике фамилия Cucuz встречается редко и чаще как топонимическая.