Фамилия Кулене — редкий случай, когда славянская по происхождению основа «оделась» в нетипичную для русского языка «одежду». В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, которые заканчиваются на -ов, -ев, -ин или -ский, форма Кулене явно выдаёт в её носителе представителя балтийских народов, скорее всего, латышей или литовцев.

В балтийских языках суффикс -ене (-ene) — один из самых распространённых способов образования женских фамилий. Он указывает на то, что перед нами фамилия замужней женщины. Мужская форма от неё будет Куленс или Кулес. В русском языковом пространстве такие фамилии часто «застывали» в женской форме, если в семью или в документы попала именно запись о женщине, либо если носитель фамилии перешёл в русскоязычную среду, где окончание уже не меняли по роду.

Корень «кул-» в балтийских языках многозначен. Наиболее вероятное значение восходит к слову «kūla» (лит.) или «kule» (латыш.) — «кнут», «плеть». Прозвище Куле могли дать либо человеку, который делал кнуты (кнутнику, шорнику), либо тому, кто имел привычку им размахивать — например, пастуху или вознице. Менее распространённая версия связывает корень с литовским «kūlis» — «камень», что могло указывать на крепкого, «каменного» человека или на того, кто жил у каменистого места.

Таким образом, предок человека с фамилией Кулене с высокой вероятностью был ремесленником, пастухом или просто обладал резким, «хлёстким» характером, а сама фамилия закрепилась в русском быту в женской форме из-за особенностей документооборота XIX века, когда латышские и литовские крестьяне получали паспорта.