Фамилия Кульсеитов образована по самой распространённой в русском языке модели — с суффиксом -ов, который присоединяется к основе, оканчивающейся на твёрдый согласный. В данном случае основа — Кульсеит. Такая модель типична для фамилий, возникших в среде крестьян и мещан в XVII–XIX веках, когда отчество или прозвище отца переходило к детям в притяжательной форме: «чей?» — Кульсеитов, то есть сын Кульсеита.

Сама основа Кульсеит — сложная, двухкоренная. Первая часть, Куль-, восходит к тюркскому слову qul (күл, куль) — «раб», «слуга», «невольник». Вторая часть, -сеит, — это популярное в исламском мире имя Сеит, вариант имени Сайид (господин, потомок пророка). Таким образом, имя Кульсеит — это композит, типичный для тюркской антропонимии, означающий «раб Сеита» или «слуга господина». Подобные имена (Кулмухаммед, Кулбай, Кулсадык) давали с религиозным или охранительным смыслом: считалось, что посвящение ребёнка «в рабы» святому или уважаемому человеку принесёт ему покровительство и защитит от злых сил.

Фамилия Кульсеитов имеет явные тюркские корни и, скорее всего, сформировалась в среде татар, башкир или казахов, которые входили в состав Российской империи. В этих культурах имя Кульсеит (или Колсеит) встречается до сих пор. Географически фамилия тяготеет к регионам Поволжья, Урала и Западной Сибири — местам компактного проживания татарского и башкирского населения. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках фамилия могла записываться как Кульсеитов, Кульсеитовъ, а в устной речи — с ударением на второй или третий слог.

Необычность фамилии в том, что она сохранила архаичную охранительную модель имянаречения, которая уже к XIX веку почти вышла из употребления. В отличие от более поздних фамилий, образованных от профессий или внешних признаков, Кульсеитов напрямую отсылает к доисламским и раннеисламским верованиям степных народов, где имя-оберег было нормой.