Фамилия Кумакшев — редкая и морфологически прозрачная, но с неочевидной основой. Она образована по стандартной русской модели «прозвище/имя + суффикс -ев», который присоединяли к основам на твёрдый согласный. В центре фамилии — личное имя или прозвище Кумакш, которое почти не встречается в современных документах, но хорошо реконструируется через тюркские языки.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «кумак» или «кумакшы» — в ряде тюркских наречий (татарском, башкирском, казахском) это означает «помощник», «подручный», «работник». Форма «Кумакш» могла быть местным вариантом имени-прозвища со значением «помощник» или «тот, кто помогает». Суффикс -ш в тюркских именах нередко образует уменьшительные или ласкательные формы, так что Кумакш — это, скорее всего, «помощничек» или «маленький помощник». Фамилия, таким образом, могла закрепиться за человеком, который в общине или семье выполнял роль помощника, подмастерья, слуги.

Менее распространённая, но допустимая гипотеза — связь с тюркским «кумак» как «песок» или «песчаный». В этом случае Кумакш — прозвище человека, жившего на песчаной почве, или того, кто работал с песком (например, строитель). Однако эта версия слабее, потому что в тюркских языках для «песчаного» чаще используют формы «кумлы» или «кумаклы», а не «кумакш».

Географически фамилия Кумакшев тяготеет к Поволжью и Приуралью — регионам, где веками жили татары, башкиры и другие тюркские народы, тесно контактировавшие с русскими. Среди русских фамилий Кумакшевы — скорее всего, потомки крещёных татар или башкир, либо русских, перенявших тюркское прозвище от соседей. Суффикс -ев указывает на то, что фамилия оформлялась уже в русской среде, вероятно, в XVII–XVIII веках, когда фиксировались фамилии крестьян и служилых людей.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Кумаков, Кумакшин) показывает, что Кумакшев стоит особняком из-за редкого форманта -ш-. Если Кумаков — прямая русификация от «кумак», то Кумакшев сохраняет тюркскую уменьшительную форму, что делает её более архаичной и локальной. В официальных документах XIX века фамилия почти не встречается, что говорит о её узком бытовании — возможно, в пределах одной волости или даже одного села.

Сословной принадлежности предков Кумакшевых по фамилии не определить: она могла принадлежать как государственным крестьянам, так и однодворцам или казакам. Никаких известных исторических носителей в открытых источниках нет — фамилия остаётся локальной и малочисленной.