Фамилия Кумакшин — редкая и с неочевидной на первый взгляд основой. Её ядро — корень «кумак-», который в русских говорах имел несколько значений. Самое вероятное: в диалектах Поволжья и Приуралья кумаком называли кумá, то есть крестного отца по отношению к родителям ребёнка. В этом случае Кумакшин — вариант фамилии Кумаков или Кумакин, но с характерным суффиксом -ш-.

Суффикс -ш- в русских фамилиях встречается реже, чем -ов/-ев или -ин, и чаще всего указывает на прозвище, образованное от прилагательного или существительного на -а/-я: Кумакша — человек, которого в округе знали как «кумака» (крестного). Модель простая: прозвище Кумакша → фамилия Кумакшин («чей?» — сын Кумакши). Такой суффикс типичен для севернорусских и сибирских фамилий, но встречается и в центральных областях.

Есть и другая, менее вероятная версия: кумак — заимствование из тюркских языков, где «кумак» могло означать «песок» (ср. татарское ком — песок) или «кумач» (красная ткань). Но для фамилии Кумакшин тюркский след сомнителен: слово «кумак» в значении «песок» не зафиксировано в русских говорах как прозвище, а «кумач» дал бы форму Кумачов или Кумачёв, не Кумакшин.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где были сильны диалектные слова «кум» и «кумак» — это Нижегородская, Кировская области, Удмуртия и Пермский край. В этих местах прозвище Кумакша могло закрепиться за человеком, который часто выступал в роли кума на крестинах, либо за тем, кто был особенно дружен с кумовьями.

Сословно носители фамилии — скорее всего, крестьяне или мещане. В дворянских родословных книгах Кумакшины не значатся. Фамилия не получила широкого распространения и осталась в пределах одной-двух волостей, что типично для прозвищных фамилий с редким суффиксом.