Фамилия Куманаев — один из тех случаев, где за привычным русским окончанием -ев скрывается тюркская основа. Модель образования типична для южнорусских и поволжских регионов: к личному имени или прозвищу тюркского происхождения добавили русский патронимический суффикс -ев, который отвечал на вопрос «чей?». Так что предок носителя этой фамилии, скорее всего, был известен под именем Куманай.

Корень «куман» в тюркских языках многозначен. Самая прямая версия — связь с этнонимом «куманы»: так в европейских хрониках называли половцев (кыпчаков). В этом случае прозвище Куманай мог получить человек, которого считали потомком половцев, либо тот, кто походил на них обликом или нравом. Однако не менее вероятно, что в основе лежит имя Куман, распространённое у башкир, татар и казахов. В башкирском языке «куман» — это ещё и «кумган» (сосуд для воды), что могло превратиться в прозвище торговца или мастера, делавшего такую посуду.

Спорный, но возможный вариант — тюркское слово «кума» в значении «песок», «песчаная степь». Тогда Куманаем могли прозвать человека, жившего в песчаной местности. Но эта версия слабее: суффикс -ай в тюркских именах чаще образует ласкательные или уменьшительные формы от личных имён, а не от географических терминов.

Географически фамилия Куманаев встречается в Оренбургской области, Башкортостане и Татарстане — именно там оседали башкирские и татарские роды, принимавшие православие и получавшие русские фамилии по отцу. В XIX веке такие фамилии нередко фиксировали у казаков и крестьян южного Урала.

Интересная деталь: в некоторых документах XIX века фамилию писали через «о» — Кумонаев. Это следствие аканья или местного произношения, когда безударный «а» в тюркских именах слышался как «о». Такое написание встречается в метрических книгах Оренбургской губернии, но не прижилось.

Однокоренные фамилии — Куманов, Куманин, Куманцев. Но Куманаев стоит особняком: суффикс -ай в основе (Куманай) указывает на личное имя, а не на прозвище от «куман». Так что, скорее всего, первый Куманаев был сыном человека по имени Куманай, а не просто «куманом».