Фамилия Куманейкина образовалась от прозвища Куманейка, и её происхождение связано с двумя разными версиями, каждая из которых ведёт в свою историческую эпоху. Первая и самая глубокая версия отсылает к прозвищу Куманин, которое давали в память о куманах — так на Руси называли половцев, кочевой народ, совершавший набеги на русские княжества в XII–XIII веках. Память об этих событиях была настолько живучей, что ещё в XV веке русские родители могли в сердцах назвать капризного или драчливого младенца Куманином. В таком случае фамилия Куманейкина — это уменьшительная форма, «внук» или «сын» того самого Куманина. Однако нельзя исключать, что предок Куманейкиных действительно был либо выходцем из половецкой степи, либо долго жил среди куман, и прозвище закрепилось за ним по этническому признаку.

Вторая версия, более бытовая и мирная, выводит прозвище Куманейка из слова «куманика» — так в некоторых русских говорах называют морошку. В этом случае прозвище мог получить человек, который выращивал эту ягоду, торговал ею или делал из неё наливку. Такое прозвище не несло этнической окраски, а указывало на занятие или место жительства рядом с ягодными угодьями.

Словообразовательная модель фамилии — суффикс -ин, типичный для русских фамилий, образованных от прозвищ или имён, оканчивающихся на -а/-я. Форма Куманейкина — это женский вариант, а мужской — Куманейкин. Встречается фамилия редко, её географическое распространение нешироко, что говорит о локальном происхождении, скорее всего, в северных или центральных областях России, где слово «куманика» было в ходу. Обе версии имеют право на существование, но первая — исторически более глубокая, вторая — более прозрачная по смыслу.