Фамилия Куманикин образована от прозвища Куманика. В основе, скорее всего, лежит слово «куманика» — так в некоторых русских говорах называют морошку. Прозвище мог получить сборщик этой северной ягоды или человек, делавший из неё наливку. Менее вероятная версия возводит прозвище к этнониму «куманы» — так на Руси называли половцев, кочевой народ, совершавший набеги в XII–XIII веках. Если это так, то прозвище Куманика мог получить потомок половца или человек, долго живший среди них. Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Куманикин, то есть сын или потомок Куманики. Эта модель характерна для фамилий, произошедших от прозвищ и имён на -а/-я.