Фамилия Кунапина — типичный пример «материнской» фамилии, образованной через суффикс -ин. В русской традиции фамилии на -ин чаще всего происходят от имён или прозвищ, оканчивающихся на -а/-я. В данном случае основа — Кунапа. Это не каноническое крестильное имя, а скорее всего прозвище или бытовое имя, которое могло закрепиться за женщиной — родоначальницей фамилии.

Корень «кунап» не имеет очевидных славянских параллелей. Самая правдоподобная версия связывает его с тюркскими языками, где «кунап» или близкие формы означают «пенька», «конопля» (ср. татарское «кенәф», башкирское «кенеф»). В таком случае Кунапа — прозвище человека, который занимался обработкой конопли, торговал ею или даже просто имел отношение к этому растению. Конопля в крестьянском хозяйстве была важным сырьём для верёвок, канатов и грубой ткани, поэтому прозвище от ремесла — обычное дело.

Менее вероятна, но возможна связь с казахским именем Кунапия (от арабского «кувва» — сила, мощь). Если фамилия возникла в среде, где бытовали мусульманские имена, её могли образовать от женской формы такого имени — Кунапия, сократив до Кунапы. Однако русский суффикс -ин и окончание -а на конце указывают, что фамилия оформлялась уже по русской модели, а значит, её носители скорее всего были крещёными и жили в смешанной славяно-тюркской среде, например в Поволжье или Приуралье.

Географически фамилия Кунапина редкая. Её можно встретить в Оренбургской области, Татарстане и Башкортостане — регионах, где исторически пересекались русские и тюркские традиции именования. Это косвенно подтверждает версию о тюркской основе прозвища. Сословно носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами: прозвища от ремесла или бытового занятия редко встречались у дворянства.

В написании фамилии возможны варианты — Кунапин (мужская форма) и Кунапина (женская). Ударение, по аналогии с фамилиями на -ин, падает на второй слог: Куна́пина.