Фамилия Кундузакова — довольно редкая и несёт на себе яркий отпечаток тюркского языкового мира. Её основа, «Кундузак», почти наверняка восходит к тюркскому слову «кундуз», что означает «бобр». В тюркских языках это слово также могло использоваться как прозвище для человека с густыми, тёмными волосами или бородой, напоминающими мех бобра, либо для искусного охотника на этого зверя. Суффикс «-ак» в тюркских именах и прозвищах часто придаёт уменьшительно-ласкательный или характеризующий оттенок, так что Кундузак — это, скорее всего, «бобрёнок» или «похожий на бобра». Русский суффикс «-ова» указывает на принадлежность: «дочь (или жена) Кундузака». Таким образом, фамилия Кундузакова — это матримониальная или отческая форма, закрепившаяся за женщиной в роду, чей предок-мужчина носил прозвище Кундузак.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где исторически смешивались тюркские и славянские народы. Наиболее вероятные зоны бытования — южный Урал, Поволжье (особенно Башкортостан и Татарстан), а также Оренбургская область. В этих местах фамилии с основой «Кундуз» встречаются у башкир, татар и казахов, которые в XIX веке, при переходе к оседлости и получении паспортов, часто получали фамилии, оформленные по русской модели с окончанием «-ов/-ев» или «-ин». Сама форма «Кундузакова» (с суффиксом «-ак») встречается реже, чем просто «Кундузов», что делает её более локальной и специфичной.

Интересная деталь: в русском языке слово «кундуз» не прижилось, зато оно дало название знаменитому каракулевому меху — «кундзюк» (или «кундуз»), который высоко ценился в Российской империи. Однако связывать фамилию напрямую с торговлей мехом было бы натяжкой. Скорее, прозвище Кундузак дали человеку за внешность или повадки, а уже его потомки стали Кундузаковыми. Фамилия не имеет отношения к дворянским родам — она крестьянская или казачья по происхождению, что типично для поздних фамилий, образованных от прозвищ в среде служилых и ясачных людей восточных окраин России.

В написании возможны варианты: Кундузаков (мужская форма) и Кундузакова (женская). Ударение, скорее всего, падает на последний слог — Кундузако́ва, по аналогии с другими фамилиями на «-акова» (Рыжако́ва, Бодряко́ва). Если искать однокоренные фамилии, то это Кундузов, Кундюков, а также более редкие Кундузбаев и Кундузгулов, где вторая часть — уже тюркское имя.