Фамилия Кундюба — одна из тех, что сразу обращает на себя внимание нехарактерным для русского уха окончанием. Вместо привычных -ов, -ев или -ин мы видим «чистую» основу, которая застыла в форме прозвища. Это верный признак того, что фамилия либо украинская, либо южнорусская, где подобные бессуффиксные модели (вроде Шульга, Голота, Непийвода) встречаются сплошь и рядом. Кундюба, скорее всего, именно оттуда.

Корень слова — «кундюб» — тёмный и, по всей видимости, не славянский. Самая убедительная версия связывает его с тюркскими языками, где «кундуз» или «кундыз» означает «бобр». В украинских говорах это слово могло трансформироваться в «кундюб» или «кундюба» с тем же значением. Если так, то прозвище Кундюба могли дать человеку за какое-то внешнее сходство с бобром — скажем, за коренастое телосложение, густую тёмную бороду или нелюдимый нрав. Второй вариант — прозвище по роду занятий: бобровый промысел был распространён на южных реках, и ловца бобров могли окрестить Кундюбой.

Менее вероятно, но возможно, что фамилия восходит к диалектному глаголу «кундюбить» — мять, комкать, пачкать. В таком случае прозвище носило бытовой, ироничный оттенок и досталось неряхе или неумехе. Однако связь с бобром выглядит более весомой: она находит параллели в фамилиях Бобр, Бобров, а также в украинских Кундиус, Кундыч, которые ономасты выводят из того же тюркского источника.

Географически фамилия Кундюба привязана к Украине и югу России. Встречается она нечасто, но локально — в Черниговской, Полтавской, Харьковской областях, а также в прилегающих районах Курской и Белгородской областей. Это говорит о том, что носители фамилии — потомки казаков или крестьян Левобережной Украины, где тюркские заимствования в языке и прозвищах были обычным делом.

По сословию предки Кундюбы, скорее всего, относились к казачеству или государственным крестьянам. Дворянских родов с такой фамилией в Российской империи не зафиксировано. Фамилия не получила широкого распространения, осталась в пределах своей первоначальной территории и не «обрусела» через суффиксы, сохранив исходную украинскую форму.