Фамилия Кунельский — относительно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней отчётливо проступает суффикс -ский, который в русской ономастике чаще всего указывает на географическую привязку: такую фамилию получал либо помещик по названию своего имения, либо выходец из села, деревни или города с похожим именем. Основа «Кунель» с большой вероятностью отсылает к названию населённого пункта. В Польше и на западе Беларуси существует несколько мест с корнем «Кунель» (например, деревня Кунель в Подляском воеводстве). Поскольку фамилии на -ский особенно характерны для польской шляхты и дворянства западных губерний Российской империи, первый носитель фамилии Кунельский, скорее всего, происходил из тех краёв.

Если отбросить географическую версию, корень «кунель» можно попытаться вывести из диалектных слов. В некоторых говорах «кунель» или «кунеля» — искажённое «куница» (животное) или прозвище ловкого, хитрого человека. Однако эта версия слабее: от прозвища «Кунель» обычно образовывали фамилию с суффиксом -ов (Кунелев), а не -ский. Таким образом, основная гипотеза — топонимическая: предок взял фамилию по месту жительства или владения землёй.

Любопытно, что фамилия не имеет распространённого варианта «Кунельский» с двойным «н» (Кунельский, а не Кунельский). Это может говорить о том, что в основе лежало не имя Кунель (редкое, почти не встречающееся в святцах), а именно название места. В документах XIX века носители фамилии изредка встречаются среди мещан и однодворцев западных губерний — то есть не обязательно дворяне, а свободные сельские жители, получившие фамилию по месту приписки.

Словообразовательная модель проста: корень «Кунель» + суффикс принадлежности -ск- + окончание -ий. Фамилия склоняется как прилагательное (Кунельского, Кунельскому). В отличие от фамилий на -ов/-ин, она не указывает на прямое родство по отцу (чей сын), а фиксирует локальную идентичность: «тот, кто из Кунеля». Если в вашем роду сохранились предания о польских или белорусских корнях, эта версия становится почти бесспорной.