Фамилия Кунильский — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу фамилии, почти наверняка имеет точную географическую привязку. Корень здесь не в личном имени и не в ремесле, а в названии древнего пограничного города Куниль, который в XII веке стоял на границе владений киевских князей с половецкими кочевьями. Впервые это поселение упоминается в летописи под 1150 годом. Человек, получивший прозвище Кунильский, скорее всего, либо родился в этом городе, либо нёс там службу — для Руси того времени это был форпост у днепровских порогов.

Словообразовательная модель типична для фамилий, образованных от географических названий: суффикс -ск- указывает на принадлежность к месту («тот, кто из Куниля»). Окончание -ий — стандартное прилагательное в мужском роде. Такая модель была особенно распространена среди дворянства и духовенства, но могла закрепиться и за простыми выходцами из определённой местности.

Само название города Куниль восходит к нарицательному «куна» — денежной единице Древней Руси. Куной называли шкурку куницы, которая выполняла роль денег задолго до появления чеканной монеты. Таким образом, в основе топонима лежит не имя человека, а торгово-финансовое понятие: место, где велись расчёты кунами, либо пункт сбора куничьего меха.

Споров о происхождении фамилии почти нет — версия с городом Куниль выглядит единственной убедительной. Альтернативные гипотезы (например, связь с польским словом «kuna» — «куница» или с личным именем Кунила) слабее, потому что не объясняют характерный суффикс -ск-. Если бы фамилия происходила напрямую от прозвища Кунила, она звучала бы как Кунилин или Кунилов.

Фамилия Кунильский — одна из тех, что не потеряла связи с конкретным историческим местом. Её носители могут с высокой долей уверенности считать, что их предки имели отношение к южнорусским землям, к эпохе киевских князей и обороне границ от половцев.