Фамилия Канельский — одна из тех редких русских фамилий, корни которой лежат не в славянской, а в еврейской ономастике. Её основа — аббревиатура «Канель», расшифровывающаяся как «коhэн наэ ли» — с иврита «коэн, приятный мне» или «коэн, угодный мне». Это ставит фамилию в один ряд с такими известными сокращениями, как Кац («коhэн цэдэк» — «праведный коэн»). В иудаизме коэны — потомки первосвященника Аарона, наследственные священнослужители, и фамилии-аббревиатуры, указывающие на это происхождение, были особенно распространены среди ашкеназских евреев Восточной Европы.

Формант «-ский» в фамилии Канельский — типичный славянский суффикс, указывающий на принадлежность к месту или роду. В данном случае он оформил аббревиатурную основу по модели, принятой в Российской империи: при переходе от местечкового прозвища к официальной фамилии в метрических книгах и паспортах к еврейской основе добавляли польский или русский суффикс, чтобы адаптировать её к местной бюрократической системе. Так «Канель» превратилось в «Канельский» — владелец фамилии как бы «происходит от Канеля» или «носит фамилию Канель».

Существует и менее вероятная версия, что Канельский — это топонимическая фамилия, образованная от названия местечка Канель (например, в Беларуси или Литве). Однако для топонимической фамилии ожидалась бы форма «Канельский» как «выходец из Канели», а не прямая отсылка к аббревиатуре. Учитывая, что аббревиатура «Канель» встречается в еврейской ономастике как самостоятельная фамилия (без суффикса), версия с коэнским происхождением выглядит более обоснованной.

Социально предки носителей фамилии Канельский, скорее всего, были выходцами из ашкеназских общин черты оседлости — на территории современной Украины, Беларуси, Польши или Молдовы. Как и многие еврейские фамилии, оформленные славянскими суффиксами, она закрепилась в документах в XIX веке, когда Российская империя обязала всех евреев иметь постоянные фамилии. В отличие от фамилий с формантами -сон, -ман или -штам, суффикс -ский не несёт значения родства, а лишь грамматически адаптирует основу, что типично для восточноевропейских еврейских фамилий, «одетых» в местную языковую форму.