Фамилия Кунеш — это патроним, то есть фамилия, образованная от личного имени. В её основе лежит мужское имя Кунеш, которое, по наиболее распространённой версии, восходит к ашкеназской форме старинного немецкого имени Кунигунда (Kunigunde). В этом случае имя разлагается на две древнегерманские основы: kunni («клан», «род») и gund («битва», «сражение»). Складываясь, они давали значение «та, кто сражается за род» или «воительница своего клана». Имя Кунигунда было известно в Европе с раннего Средневековья, и его сокращённые формы — Куне, Кунаш, Кунеш — бытовали в еврейской среде, особенно в Германии и на землях Речи Посполитой.

Вторая, менее распространённая гипотеза связывает имя Кунеш с именем Конрад (Konrad). В этом случае основа имени — древневерхненемецкое kuoni («смелый», «отважный») и rād («совет», «совещание»). Имя Конрад было наследственным в нескольких королевских и герцогских домах Европы, а его народные формы — Кунц, Куне, Кунеш — были чрезвычайно популярны в Австрии, Баварии и Чехии. Выбор между двумя версиями осложняется тем, что обе они давали одинаковые уменьшительные формы на восточноевропейской почве.

Обратите внимание на суффикс: фамилия Кунеш не имеет типичного русского окончания -ов/-ев или -ин. Это указывает на то, что фамилия закрепилась в той форме, в которой бытовало имя, без дополнительного патронимического суффикса. Такое встречается у фамилий, которые оформились в среде ашкеназских евреев или в западных регионах Российской империи (Беларусь, Украина, Польша), где имена нередко становились фамилиями напрямую. Таким образом, предок носителя фамилии Кунеш, скорее всего, был человеком по имени Кунеш — либо тем, кого в семье называли в честь отважной Кунигунды, либо носителем популярного в народе варианта имени Конрад.