Фамилия Куникеева — женская форма, мужской вариант Куникеев. Редкая фамилия, в основе которой, скорее всего, лежит прозвище или дохристианское имя. Главная загадка здесь — корень «Куник-». Он не объясняется прямым значением из современного русского языка, что наводит на мысль о тюркском происхождении.

Вероятнее всего, основа восходит к тюркскому слову «кюник» (или «куник»), которое в разных диалектах означает «солнечный», «солнцеподобный» или «светлый». В тюркской антропонимии такие имена давали детям, желая им сияющей, счастливой судьбы. Другая, менее вероятная версия — связь с глаголом «кунить» (в некоторых говорах — «хитрить», «лукавить»), но в таком случае фамилия была бы более распространена в северных русских говорах, а её редкость говорит скорее в пользу иноязычного заимствования.

Суффикс «-еев» (а не «-ов») указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или на «й»: Куникей — Куникеев. Такая модель типична для фамилий, образованных от прозвищ или имён, адаптированных через форму на «-ей» (сравните: Андрей — Андреев, Тимофей — Тимофеев). То есть исходное имя или прозвище звучало как Куникей — скорее всего, русифицированная форма тюркского имени.

Если принять тюркскую версию, предки носителей фамилии могли быть выходцами из татарской, башкирской или другой тюркоязычной среды, которая со временем обрусела. Географически фамилия встречается в Поволжье и на Урале — в зоне активного русско-тюркского контакта. Сословно — скорее всего, крестьянское или мещанское происхождение, так как фамилии на «-еев» редко встречаются среди дворянства.

Известных носителей фамилии в широких энциклопедиях нет, что подтверждает её локальный характер. Фамилия Куникеева — это осколок забытого прозвища, которое когда-то описывало человека как «солнечного» или «светлого», а теперь сохранилось лишь в редких семейных историях.