Фамилия Куникешева хранит память о родовом прозвище предка. Она образована от имени Куникеш, которое состоит из двух тюркских корней. Первая часть, «куни», в древнетюркском языке означала «род» или «племя». Вторая часть, «кеш», переводится как «соболь». Получается, что имя Куникеш можно истолковать как «род соболя» или «племя соболя».

Имена, образованные от названий зверей и птиц, часто встречались у восточных народов — они служили тотемными прозвищами или пожеланиями качеств, приписываемых животному. Соболь в тюркской традиции ценился за красоту и ценный мех, поэтому такое имя могло быть дано как ласковое или охранительное.

Фамилия образована по русской модели: к основе Куникеш добавили суффикс -ев, указывающий на принадлежность («чей?» — Куникешев). Окончание -а — женская форма фамилии, закрепившаяся в документах. Мужской вариант — Куникешев.

Географию фамилии можно связать с регионами, где исторически жили тюркские народы: Поволжье, Урал, Западная Сибирь. Встречается она и у башкир, и у татар, и у казахов. Точное происхождение конкретной ветви рода зависит от семейных преданий, но в любом случае фамилия Куникешева — это не просто звук, а сжатая родовая легенда: напоминание о предке, которого в его общине называли в честь соболя.