Фамилия Кунишин — хороший пример того, как одна буква в суффиксе меняет историю. Если бы фамилия звучала как Кунишев, её бы без колебаний связали с тюркским или восточным корнем. Но суффикс -ин указывает на русскую модель образования: такую фамилию давали по имени или прозвищу отца, и отвечает она на вопрос «чей?» — то есть «сын Куниши».

Основа здесь — Куниша. Это не полное имя, а уменьшительная или прозвищная форма. Чаще всего её выводят от канонического имени Кир (Кир — Куня — Куниша), которое в святцах встречается, но было редким в народе. Однако правдоподобнее версия, что Куниша — это производное от имени Кондратий или Никон. В русских говорах имя Кондратий легко сокращалось до Куня, а Куня, в свою очередь, получало ласкательный суффикс -иша. Так Куня превращался в Кунишу, а его дети записывались Кунишиными. В пользу этой версии говорит и то, что фамилия Кунишин встречается в основном в центральных и северных областях России, где такие цепочки сокращений были в ходу.

Вторая версия, менее вероятная, но упоминаемая в региональных словарях, связывает Кунишу с диалектным словом «куня» — так в некоторых местах называли хорька или куницу. Прозвище Куня могли дать ловкому, юркому человеку или, наоборот, тому, кто промышлял охотой на пушного зверя. Тогда Кунишин — «сын Куни», но с дополнительным суффиксом -иш-, который усиливает значение. Такая модель встречается реже, но исключать её не стоит: в русских фамилиях от прозвищ животных суффикс -ишин тоже работал (сравните Борзов — Борзишин).

Обратите внимание на написание: фамилия пишется через «и» в корне, а не через «ы» (Кунышин). Это важно, потому что в некоторых говорах «куня» произносили как «куня» с мягким «н», и на письме это закрепилось именно как «и». Если бы корень был от слова «куна» (денежная единица Древней Руси или куница), форма, скорее всего, была бы Кунин или Кунаев, но не Кунишин.

Сословной привязки у фамилии нет: Кунишины встречались и среди крестьян, и среди мещан. В документах XVIII–XIX веков фамилия фиксируется в Ярославской, Костромской и Вологодской губерниях, что косвенно подтверждает версию о происхождении от имени Кондратий (популярного именно в этих краях). Так что, скорее всего, ваш предок был не охотником на куниц, а просто Кондратием, которого в семье ласково звали Кунишей.