Фамилия Кунишева — женская форма фамилии Кунишев. В её основе лежит прозвище или имя Куниш, которое, скорее всего, имеет тюркские корни. В тюркских языках слово «куниш» или «кун» означает «солнце», «день» или «солнечный свет». Соответственно, Кунишем могли назвать человека светлого, жизнерадостного, либо родившегося в ясный солнечный день. Такие прозвища были распространены среди народов Поволжья, Урала и Сибири, где тюркские языки соседствовали с русским.

Суффикс «-ев» указывает на русскую модель образования фамилий от иноязычной основы. В данном случае он стоит после мягкого шипящего «ш», что даёт окончание «-ев», а не «-ов». Это типичный способ русификации: к тюркскому прозвищу Куниш добавили русский патронимический суффикс, и фамилия стала означать «чей-то сын» или «чей-то потомок» — то есть сын Куниша, Кунишев.

Встречаются и другие версии происхождения. Например, в некоторых диалектах «куниш» могло быть искажённой формой слова «куница» — ценный пушной зверёк. Тогда прозвище Куниш могли дать либо ловкому охотнику, либо человеку, торговавшему куницами. Однако эта версия менее вероятна: в русском языке форма «куниш» не зафиксирована, а для прозвищ от названий животных обычно использовались прямые формы («Куница», «Куничкин»).

Географически фамилия Кунишев распространена в регионах с исторически смешанным русско-тюркским населением: в Оренбургской, Челябинской областях, в Татарстане и Башкортостане. Встречается она и на Северном Кавказе, среди ногайцев и кумыков, где корень «кун» также широко представлен в личных именах.

Сословная принадлежность носителей фамилии могла быть разной. Кунишевы встречались и среди крестьян, и среди казаков, и в среде купечества — фамилия не указывает на конкретное привилегированное происхождение.

Таким образом, фамилия Кунишева — это пример того, как тюркское прозвище, связанное с солнцем или светом, органично вплелось в русскую фамильную систему, сохранив память о предке, которого когда-то назвали Кунишем.