Фамилия Купчиков — одна из тех, что ставит перед исследователем загадку в самом корне. На первый взгляд, всё ясно: купец, торговля. Но суффикс -ик- в основе намекает, что прямой связи с сословием купцов тут, скорее всего, нет. В русской ономастике фамилии, образованные напрямую от слова «купец» без уменьшительного суффикса, выглядят иначе: Купцов, Купецкий. Купчиков же происходит от прозвища Купчик.

Что такое «Купчик»? В народной речи это слово могло означать мелкого торговца, лавочника, того, кто «торгует по малости» — не гильдейского купца с капиталом, а человека, который вёл скромную торговлю вразнос или в небольшой лавке. Такое прозвище давали не столько по богатству, сколько по роду занятий, причём часто с оттенком снисходительности или иронии: «Купчик» — не купец, а так, мелкота. Соответственно, Купчиков — это «сын Купчика» или «человек из рода Купчика».

Модель образования проста и типична для русских фамилий: прозвище на -ик (Купчик) плюс притяжательный суффикс -ов. По сути, это отчество второго порядка: сначала отца назвали Купчиком (возможно, по его ремеслу), а потом его детей записали как Купчиковых. Такая словообразовательная цепочка (торговец → Купчик → Купчиков) встречается и у других «профессиональных» фамилий: Плотников, Мельников, но с уменьшительным суффиксом — реже, что и делает Купчикова не совсем рядовой фамилией.

Географически фамилия не привязана к одному региону, но чаще встречается в центральных и северных губерниях России, где существовала развитая сеть мелкой торговли. Встречаются варианты написания через «а» — Капчиков, но это уже результат «акающего» произношения, а не иная основа. В дореволюционных метрических книгах Купчиковы — это в основном мещане, крестьяне, реже — купцы третьей гильдии, что косвенно подтверждает версию о прозвище, а не о фамилии по сословию.

Есть и другая, менее вероятная версия, которую иногда приводят в любительских словарях: связь с диалектным словом «купчик» — «голубь». В некоторых говорах так называли сизого голубя, и прозвище могли дать за внешнее сходство или повадки. Однако эта гипотеза не подкреплена серьёзными лексикографическими источниками по русским фамилиям, и опора на ремесленную версию куда надёжнее.