Фамилия Купчишена — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло, а женское прозвище, образованное от социального статуса. Её ядро — слово «купчиха» (жена купца или женщина, торгующая от своего имени). Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Купчишена буквально значит «дочь или жена Купчихи», то есть женщина, чья мать или свекровь носила прозвище Купчиха.

Словообразовательная модель здесь необычна. Фамилия построена не от мужского имени или профессии (как Купцов или Купчихин), а от женского прозвищного имени, что в русской ономастике встречается реже. Обычно такие фамилии закреплялись за внебрачными детьми или в семьях, где женщина играла ключевую хозяйственную роль — например, вдова, продолжавшая торговое дело мужа. Социальный контекст: если предок был купцом, фамилия скорее приняла бы форму Купцов или Купецкий. Форма Купчишена выбивается из этого ряда и намекает на историю, где главной фигурой была женщина-торговка, возможно, владелица лавки или постоялого двора.

В говорах северных и центральных губерний России слово «купчиха» имело не только прямое значение, но и ироничный оттенок — так могли назвать женщину, которая любила торговаться, копить добро или важничать. Поэтому не исключено, что прозвище Купчиха дали не за реальный статус, а за характер. В таком случае фамилия Купчишена могла закрепиться за потомками бойкой, хозяйственной женщины, которую в деревне прозвали «купчихой» в насмешку или с уважением.

Фамилия встречается в основном в Поволжье и на Урале, особенно в Пермском крае и Кировской области. Это регионы, где в XIX веке было много купеческих династий, но также и крестьян, занимавшихся отхожим промыслом и мелкой торговлей. Вариантов написания два: Купчишена (с ударением на второй слог) и реже Купчишина — через «и» в суффиксе, что может указывать на диалектное произношение или ошибку в документах.

Сравните с однокоренными фамилиями: Купчихин (от той же основы, но с мужским суффиксом), Купцов (от «купец»), Купецкий (от прилагательного). Купчишена стоит особняком — она женского рода в основе, что делает её своеобразным ономастическим маркером: в родословной, скорее всего, была заметная женщина, чьё прозвище перевесило мужскую линию.