Фамилия Купрышкин звучит так, будто её носитель мог быть сыном человека с прозвищем Купрышка. Это типичная «фамилия-отчество», образованная по модели «чей?» — Купрышкин, то есть «сын Купрышки». В центре внимания здесь не столько корень, сколько суффикс, который выдает её происхождение из юго-западных областей России, где был распространен суффикс -ышк- (-ишк-). Он придавал имени или прозвищу уменьшительно-ласкательный или иногда пренебрежительный оттенок, как в словах «парнишка», «сынишка».

Основа «Купр-» почти наверняка восходит к каноническому крестильному имени Куприян (народная форма от Киприан). В русских говорах имя Куприян сокращали по-разному: Купря, Купряй, а с помощью суффикса -ышк- образовали ласковую форму Купрышка. Так, Купрышкой в семье могли называть мальчика или взрослого мужчину по имени Куприян. Учитывая, что имя Киприан (от латинского «кипрский») было в ходу у простых крестьян и мещан, фамилия Купрышкин, скорее всего, имеет демократическое, крестьянское происхождение.

Однако есть и вторая, менее очевидная версия. В некоторых северных и сибирских говорах словом «купырь» или «купрыш» называли растение дудник или борщевик. Прозвище Купрышка могли дать человеку высокому, долговязому или, наоборот, любителю собирать эту траву. Но эта версия слабее: слишком много фамилий на -ышкин образовано именно от личных имён (Антонышкин, Ванишкин), и имя Куприян было очень частым.

Фамилия Купрышкин довольно редкая. Её географические корни, скорее всего, лежат в бывших южнорусских губерниях — Тульской, Рязанской, Орловской, откуда она потом распространилась по стране. Встречается она и у старообрядцев, которые любили старые, нестандартные формы имён. По сути, Купрышкин — это просто «Куприянов», но в более ласковой, домашней огласовке, которая со временем застыла в официальной фамилии.