Фамилия Куприхин — одна из тех, где суффикс указывает на происхождение точнее, чем корень. Суффикс -ин прямо говорит: перед нами «чей?» — Куприхин, то есть сын или потомок человека по имени или прозвищу Куприха. Здесь важно не спутать с «Куприн» и не искать связь с медным купоросом или купечеством. Основа фамилии — Куприх, а это разговорная, народная форма крестильного имени Куприян (церковное Киприан, от латинского Cyprianus — «кипрский»).

В русской ономастике модель «Куприян → Куприха → Куприхин» совершенно типична для XVI–XVII веков. Суффикс -их- в основе (Куприх-) — это не фамильный суффикс, а элемент, образующий обиходное, часто пренебрежительно-ласкательное имя. Как Степан → Степиха, Иван → Ваниха, так и Куприян → Куприха. Потом к этому прозвищу добавили притяжательный суффикс -ин, и получилась фамилия.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северным губерниям России — Владимирской, Ярославской, Костромской, Вологодской. Именно там были распространены такие «усечённые» формы календарных имён. В переписных книгах XVII века можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Куприха, но фамилия в современном виде закрепилась позже, в XVIII–XIX веках, когда потомки стали писаться как Куприхины.

Менее вероятная, но допустимая версия — прозвище по ремеслу. В некоторых говорах «куприть» означало «кудрявить», «завивать» (от «купри» — кудри). Тогда Куприхой могли назвать человека с кудрявой шевелюрой. Однако ономасты (в частности, работы Б. Унбегауна по русским фамилиям) склоняются к тому, что основа крестильного имени встречается в разы чаще, чем прозвищная, поэтому версия с Куприяном — основная.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли носить и дворяне, и крестьяне, фамилии на -ин (Куприхин) в массе своей принадлежали непривилегированным сословиям. Владельческие крестьяне, реже — однодворцы. Дворянские роды с таким окончанием обычно имели более длинную историю и фиксировались в родословных книгах, но Куприхины в них не значатся — это фамилия простого люда, что ничуть не умаляет её глубины.