Фамилия Купшуков звучит непривычно для русского уха, и это первый намёк на её происхождение. Она образована по классической русской модели с патронимическим суффиксом -ов, но её основа явно не славянская. Скорее всего, перед нами фамилия, корни которой уходят в тюркские или кавказские языки, где слово «купшук» или близкие к нему формы могли иметь конкретное бытовое значение.

Самая вероятная версия связывает основу с тюркским словом «кюпчюк» или «кюпшюк» — так в некоторых диалектах называли глиняный кувшин, горшок или сосуд для воды. В таком случае прозвище Купшук мог получить гончар, торговец посудой или просто человек, которого в шутку сравнивали с пузатым кувшином. Фамилии, образованные от названий предметов домашней утвари, — не редкость в тюркоязычной среде, и при переходе на русскую почву они легко обрастали суффиксами -ов/-ев.

Менее распространённая, но тоже возможная версия — связь с карачаево-балкарским или кумыкским словом «кюпчюк», означающим «маленький, коротышка» или «детёныш животного». В этом случае прозвище указывало бы на рост или возраст человека. Учитывая, что фамилия Купшуков встречается преимущественно на Северном Кавказе и в прилегающих регионах, обе гипотезы имеют под собой почву, но первая (гончарная) кажется более конкретной и объяснимой.

Суффикс -ов в фамилии Купшуков — не случайность. Он указывает, что фамилия оформлялась уже в русской языковой среде и, скорее всего, в относительно позднее время, когда нерусское население получало документы на русском языке. Если бы фамилия осталась в своей исходной форме, она звучала бы как Купшук или Кюпчюк. Добавление -ов — это стандартный способ «обрусения» тюркских прозвищ, аналогично тому, как из прозвища Абрек получилась фамилия Абреков, а из Тохтар — Тохтаров.

Встречаемость фамилии невысокая, что говорит о её локальном характере. Скорее всего, предки носителя фамилии жили в одной из станиц или аулов, где прозвище Купшук закрепилось за конкретным родом, а затем уже, при переписях или выдаче паспортов, превратилось в фамилию для всех потомков. Сословно это могли быть казаки, крестьяне или горцы — точных данных нет, но ремесленная основа фамилии намекает скорее на простое, рабочее происхождение.