Фамилия Купшинов образована от прозвища или нецерковного имени Купша, которое в свою очередь восходит к диалектному слову «купша» — так в некоторых русских говорах называли мелкого лесного зверька, куницу или ласку. Прямое указание на это даёт и словообразовательная модель: суффикс -ов указывает на принадлежность («чей?» — Купшинов, то есть сын или потомок Купши). В отличие от более частотных фамилий на -ин, образованных от основ на -а/-я (Кузьмин, Пушкин), здесь суффикс -ов присоединён к основе Купш-, что характерно для прозвищ, оканчивающихся на твёрдый согласный.

Версия с животным — самая правдоподобная, поскольку прозвища по названиям пушных зверьков были распространены в крестьянской среде: Бобр, Куница, Горностай, Ласка. Прозвище Купша мог получить либо ловкий и юркий человек, либо, наоборот, тот, кто промышлял охотой на куницу. Реже, но не исключено, что Купша — это усечённая форма от имени Куприян (Куприян → Купря → Купша), однако такое стяжение встречается нечасто, и для него нет устойчивой диалектной поддержки.

Географически фамилия редкая и, по всей видимости, локальная. Основные очаги бытования — центральные и северные области России, где слово «купша» фиксировалось в говорах (например, в архангельских и вологодских). В дореволюционных переписях Купшиновы могли записываться как крестьяне или мещане. Сословная принадлежность не выводится из самой фамилии — суффикс -ов универсален для всех слоёв, но прозвищная основа указывает на простонародную среду.

Не стоит путать фамилию с более известной Купчинов — та образована от слова «купец» и имеет совсем другую семантику. Купшинов же остаётся в кругу «звериных» прозвищ, и его носитель, скорее всего, потомок человека, которого в деревне прозвали за сноровку или за промысел.