Фамилия Купцын — редкий пример того, как русская фамилия сохраняет в основе слово, вышедшее из живого языка. В её основе лежит не «купец» в привычном значении богатого торговца, а слово «купец» в старом, более широком смысле: любой человек, занятый куплей-продажей, мелкий торгаш, лавочник. Суффикс -ын указывает на принадлежность: Купцын буквально значит «сын купца», «мальчик из семьи купца».

Однако здесь есть тонкость. В русской ономастике фамилии на -ын почти всегда образуются от основ, оканчивающихся на -а, -я (например, Пушкин от Пушка). Форма Купцын — исключение: она произведена от «купец» через усечение конечного -ец и замену на -ын. Такая модель встречается редко, но фиксируется в старых документах. По сути, это фамилия-притяжательное прилагательное, отвечавшее на вопрос «чей?»: чей сын? — Купцын.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским губерниям, где мелкое купечество и торговый люд были особенно многочисленны. В переписных книгах XVII–XVIII веков «купцами» называли не только гильдейских купцов, но и посадских людей, промышлявших перепродажей. Поэтому предок Купцын мог быть владельцем лавки в уездном городе, коробейником или скупщиком сельхозпродукции — социальный статус его семьи был невысок, но устойчив.

Написание фамилии устойчиво: через «ы» в корне и с окончанием -ын. Встречающийся изредка вариант «Купцин» — результат поздней орфографической путаницы, когда мягкий звук [ц] перед твёрдым суффиксом записывали по-разному. Исторически верная форма — именно Купцын, с буквой «ы», которая отражает твёрдость предшествующего согласного.

В отличие от массовых фамилий на -ов/-ев, Купцын встречается нечасто. Это делает её хорошим маркером для генеалогического поиска: носители с большой вероятностью происходят из одного или нескольких локальных родов, а не из разрозненных семей по всей стране.