Фамилия Купцин — редкий случай, когда суффикс подсказывает географию точнее, чем корень. На слух она кажется «торговой» (от «купец», «купить»), но словообразовательная модель говорит об обратном. Суффикс -ин указывает на принадлежность: Купцин — это «чей?» — сын или человек Купцы. А вот сама основа Купца — это не купец, а краткая форма имени или прозвища.

В древнерусском языке слово «купец» звучало иначе, а вот имя Купца (или Купця) могло быть производным от крестильного имени Куприян (разговорная форма Киприан). В северных и центральных говорах имя Куприян часто сокращали до Купря, а далее — до Купца, с характерным для обиходной речи аканьем и смягчением. То есть Купцин — это «Куприянов», но через народную переделку. Такая цепочка типична для фамилий, закрепившихся в XVI–XVII веках в среде крестьян и посадских людей: от полного церковного имени до бытового прозвища, которое и стало фамилией.

Вторая версия, менее вероятная, но не исключённая — связь с диалектным словом «купец» в значении «скупщик» или «торговец мелким товаром». В этом случае фамилия образована от прозвища по профессии, но с тем же суффиксом -ин, что нетипично для профессиональных прозвищ (обычно они давали фамилии на -ов: Купцов). Поэтому версия с личным именем Купца убедительнее: суффикс -ин в русских фамилиях чаще закреплялся за прозвищами на -а, которые образованы от имён, а не от названий занятий.

Географически фамилия Купцин встречается редко, её очаги — в Вологодской и Архангельской областях, а также на Урале. Это зона бытования северорусского говора, где имя Куприян было популярно, а фамилии на -ин от имён на -а — обычное дело. В переписях XVII–XVIII веков можно найти крестьян Купциных в Двинском уезде и Сольвычегодском уезде. Таким образом, предки современных носителей фамилии — скорее всего, не купцы, а крестьяне или ремесленники Русского Севера, чьё родовое имя пошло от уменьшительной формы церковного имени Киприан.