Фамилия Курдубин — редкий случай, когда суффикс -ин указывает не на отчество от имени на -а, а на прозвище, образованное от прилагательного. Основа здесь — «курдубый», то есть короткохвостый, куцый. В русских говорах «курдубый» означало «с обрубленным или коротким хвостом», а в переносном смысле — нечто ущербное, неполноценное. Слово это составное: «кур» (короткий, ср. «курносый») и «дуб» (дубина, хвост, отросток). Таким образом, Курдубин — это потомок человека, которого прозвали Курдубым.

Прозвище Курдубый могло закрепиться за человеком по разным причинам. Самое прямое объяснение — физический недостаток, например, отсутствие пальца или короткая конечность. В крестьянской среде, где ценилась физическая сила, такое прозвище давали без злого умысла, просто как отличительную черту. Возможен и переносный смысл: так могли назвать невысокого, коренастого человека или того, кто не довёл дело до конца, «обрубил» на полпути. В некоторых диалектах «курдубый» также означало «упрямый, строптивый» — от слова «дуб» как символ твёрдости.

Словообразовательная модель типична для русских фамилий: сначала прозвище, затем фамилия на -ин. Суффикс -ин здесь закономерен: основа оканчивается на согласный, в отличие от фамилий на -ов (от основ на твёрдый согласный). Географически фамилия тяготеет к южнорусским и центральным областям, где слово «курдубый» было в ходу. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении: скорее всего, прозвище дали в одном селе или волости, и фамилия осталась в узком круге родственных семей.

Родственные фамилии — Курдубов (с суффиксом -ов от той же основы, но с другим окончанием), а также Курдюмов (от «курдюк» — жирный хвост овцы, тут смысл иной). В отличие от них, Курдубин прямо указывает на «куцесть», а не на полноту. Никаких дворянских корней у фамилии нет: это типично крестьянское прозвище, которое позже стало фамилией. Если искать предков, стоит обратить внимание на Тульскую, Рязанскую или Курскую губернии — там диалектное слово «курдубый» фиксировалось в речи.