Фамилия Курганкова образована от прозвища или мирского имени Курган, а тот корень — от слова «курган», то есть насыпной холм, древняя могила. В русских говорах слово имело и переносные значения: так могли назвать высокого, крупного человека или, наоборот, нелюдимого, «замкнутого, как курган». Встречается и другая версия: в некоторых диалектах «курганом» называли копну сена или стог, а прозвище давали крестьянину, который занимался сенокосом или жил возле стогов.

Суффикс -к- в основе (Курганков) указывает на то, что фамилия образована не напрямую от слова «курган», а от уменьшительной или обиходной формы — Курганок. Такая модель характерна для фамилий, которые закрепились в среде крестьян и мещан: сначала человека звали Курганом или Курганком, а потом его дети стали Курганковыми. Женская форма Курганкова — это вариант по естественному родовому признаку, без дополнительных смысловых оттенков.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским и поволжским областям, где курганы — часть ландшафта. Встречается она и на Урале, куда переселенцы принесли прозвища с собой. В дворянских родословных книгах эта фамилия не зафиксирована — скорее всего, предки Курганковых были государственными или помещичьими крестьянами, казаками или однодворцами.

Однокоренные фамилии — Курганов, Курганский, Курганников — различаются суффиксами, но восходят к тому же корню. Курганов, например, прямее: от «курган» без промежуточного уменьшения. Курганкова же стоит ближе к прозвищной традиции, где ласкательная или бытовая форма имени закреплялась в официальной фамилии.