Фамилия Курганьков образована от прозвища Курганик, которое давали человеку, жившему на кургане. Само слово «курган» пришло в русский язык из тюркских наречий, скорее всего из татарского, где означало «укрепление, крепость». В основе лежит тюркский глагол qur — «ставить, устраивать, возводить». Таким образом, исходное прозвище имело чёткую географическую привязку: так могли назвать того, чей дом стоял на возвышении, на древней насыпи или просто на заметном холме.

Словообразовательная модель здесь нестандартная. От прозвища Курганик фамилия образована с помощью суффикса -ов, что типично для русских фамилий, но сам суффикс -ик в основе прозвища — редкий. Обычно такие прозвища на -ик указывали на носителя признака (ср. Толстик, Малых). В случае с Кургаником признак — не внешность или характер, а место обитания. Позже к основе Курганик- добавился фамильный суффикс -ов, и получилась фамилия Курганьков — через беглый гласный «о» в суффиксе.

По сословной принадлежности носители фамилии, скорее всего, относились к крестьянам или однодворцам южных регионов России, где курганы — часть привычного ландшафта. В документах фамилия встречается в основном в Курской, Воронежской и Ростовской областях, что косвенно подтверждает географическую версию происхождения.

Есть и альтернативная гипотеза: прозвище Курганик могло быть связано не с местом жительства, а с родом занятий — например, с укреплением насыпей или строительством земляных валов. Но эта версия менее убедительна: в источниках не зафиксировано ремесло с таким названием, а топонимическая основа для прозвищ в русской ономастике — одна из самых распространённых.