Фамилия Курганенко образована по одной из самых распространённых в украинской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс указывал на сына или потомка человека, чьё имя или прозвище стало основой. В данном случае основа — слово «курган». В украинской среде фамилии на -енко массово закрепились в XVI–XVII веках в Поднепровье, на Левобережной и Слободской Украине, и Курганенко — типичный образец такой фамилии.

Сам корень «курган» имеет тюркское происхождение (от тюркского *kurgan — «крепость», «укрепление»). В русском и украинском языках курганом называют древнюю земляную насыпь, могильный холм. Однако прямое значение «сын кургана» звучит странно. Скорее всего, прозвище Курган дали человеку по внешнему сходству: высокому, плотному, крупному, напоминающему холм. Либо по месту жительства — у кургана, на курганной местности. Такие прозвища давали без особой фантазии, по приметному ориентиру или черте.

Встречается и более редкая версия: прозвище могло возникнуть от названия населённого пункта Курган (такие есть в России и на Украине). Тогда Курганенко — это «выходец из Кургана». Но для украинской модели на -енко это менее характерно: обычно такую фамилию получали от личного прозвища, а не от топонима. Если бы фамилия образовалась от названия города, чаще использовали бы суффикс -ский (Курганский).

Фамилия Курганенко не относится к дворянским или старинным княжеским родам — это типичная крестьянская или казацкая фамилия. В реестрах Войска Запорожского и переписях Гетманщины встречаются прозвища с корнем «курган», но конкретно Курганенко фиксируется позже, в XIX веке, когда фамилии на -енко стали массово наследоваться и записываться в метриках. Сегодня фамилия распространена в Украине, особенно в центральных и восточных областях, а также среди украинской диаспоры в России и Казахстане.

Однокоренные фамилии — Курганов, Курганский, Курганников — образованы по другим моделям и чаще встречаются в русской среде. Курганенко же чётко указывает на украинское происхождение и на то, что предок носителя фамилии, скорее всего, был заметным, крупным человеком или жил возле древнего кургана.