Фамилия Курначенков образована по русской модели отчества с двойным суффиксом: сначала -енк(о), а затем -ов. Если кратко: предка звали Курначенко, а его потомок стал Курначенковым. Так оформляли фамилии на юге России и в Белоруссии, где была распространена малороссийская фамилия Курначенко. Переселившись в великорусские губернии, носитель «обрусел» — к原有的 форме добавили стандартный русский суффикс -ов, чтобы фамилия склонялась по привычному образцу.

Основа фамилии — прозвище Курнак. Самый вероятный источник — тюркское слово «курнак» (в разных диалектах: «коротышка», «неудачник» или «глуповатый»). В русских говорах слово «курнак» фиксировали в значении «человек с обрубленным ухом» (от «курносый», «кургузый» — неполный, урезанный). В словаре В. Даля «курнак» — это «коротыш, малорослый человек». Прозвище давали по внешнему признаку: невысокому росту или физическому недостатку.

Суффикс -енко в основе Курначенко типичен для украинской и белорусской антропонимии XVII–XVIII веков. Он означал «маленький» или «сын»: Курначенко — сын Курнака. Когда носитель такой фамилии оказывался в среде, где господствовала русская модель на -ов, фамилию «достраивали» до Курначенков. Это массовый процесс XIX века, особенно среди крестьян и мещан, переселявшихся из Малороссии в Центральную Россию и на Дон.

Географически фамилия Курначенков редкая. Встречается в Воронежской, Ростовской областях и в Краснодарском крае — то есть в зоне контакта южнорусского и украинского населения. В переписях XVIII–XIX веков основная масса носителей — государственные крестьяне и однодворцы. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Сравните с однокоренными: Курнаков (прямое отчество от Курнак), Курнаев (от тюркского имени Курнай), Курнаткин (от «курнатый» — куцый, короткохвостый). Все они восходят к тому же кругу значений — «короткий, урезанный, неполный». В фамилии Курначенков, таким образом, сохранилась память о прозвище, которое в XVI–XVII веках было не оскорбительным, а бытовым описательным именем.