Фамилия Курнаевы — одна из тех, что образовались от прозвища, а не от крестильного имени. В её основе лежит прозвище Курнай. Самая вероятная версия связывает его с украинским словом «курнiй», которое значит «пыльный» или «дымящий». Прозвище могли дать человеку, который работал с золой, углём или жил в прокуренной, закопчённой избе — например, кузнецу, печнику или тому, кто топил баню по-чёрному.

Фамилия построена по стандартной восточнославянской модели: к основе Курнай добавили суффикс -ев, который указывает на принадлежность («чей?» — «Курнаев»). Такой суффикс обычно присоединяли к основам на мягкий согласный или на й. Получается, что первоначально Курнаевы — это дети или потомки человека по прозвищу Курнай.

Интересно, что прозвище Курнай могло иметь и тюркские корни. В татарском и башкирском языках есть имя Курнай (от «кур» — «слепой» или «глухой» и «най» — «свирель»), но в русской среде оно, скорее всего, переосмыслилось и привязалось к знакомому слову «курной» (дымный). Поэтому для русских Курнаевых украинская версия выглядит правдоподобнее.

Точное место возникновения фамилии установить трудно — процесс закрепления прозвищ в качестве наследственных имён шёл несколько столетий. Однако по географии фамилия встречается не только в центральной России, но и в Поволжье, что косвенно подтверждает возможность контакта с тюркскими языками.

Фамилия Курнаев — не самая частая, но и не редкая. Её главная ценность в том, что она сохранила память о бытовом прозвище, которое описывало внешность, занятие или образ жизни предка. Это не книжная, а живая народная традиция имянаречения.