Фамилия Кушилков — редкий случай, когда основа, скорее всего, связана не с прямым значением слова, а с его звуковой формой и диалектным произношением. В её центре лежит прозвище Кушилко, которое образовано с помощью суффикса -к(о), характерного для украинской, белорусской и южнорусской антропонимии. Суффикс -ов в конце превратил это прозвище в стандартную русскую фамилию: Кушилков буквально означает «сын Кушилка» или «потомок человека по прозвищу Кушилко».

Самое правдоподобное объяснение прозвища Кушилко — это фонетическая, «окающая» версия слова «кашилко». В южнорусских и украинских говорах, где аканье не было всеобщим, а оканье сохранялось, слово «кашель» могло звучать как «кошель». Соответственно, «кашилко» (тот, кто кашляет, человек со слабыми лёгкими) превращалось в «кушилко». Звук [к] перед [о] в безударном положении мог редуцироваться до неясного гласного, который на письме фиксировался как «у». Таким образом, Кушилков — это потомок человека, которого в деревне дразнили за привычку кашлять или за болезнь.

Менее вероятна, но возможна версия, связывающая фамилию с диалектным глаголом «кушилить» — в некоторых говорах так говорят о том, кто копошится, делает что-то медленно или неуклюже. Прозвище Кушилко тогда означало бы «медлительный, нерасторопный человек». Однако связь с «кашлем» надёжнее, так как слово «кашель» и его производные встречаются в основе многих русских фамилий (Кашлев, Каширин, Кашилкин), а «кушилить» — глагол крайне редкий и локальный.

В отличие от фамилий на -ов от полных крестильных имён (Иванов, Петров), Кушилков — фамилия от прозвища, и её носители, скорее всего, происходили из крестьянской или мещанской среды. Фамилия не имеет дворянских корней и не встречается в старых родословных книгах. Географически она тяготеет к югу России: Курская, Воронежская, Ростовская области, а также к востоку Украины. Встречаемость её крайне низкая, что делает каждую ветвь рода Кушилковых относительно компактной и прослеживаемой по документам XIX — начала XX века.