Фамилия Кушнина — женская форма, а её мужской вариант — Кушнин. Основа у них одна, и чтобы понять её происхождение, нужно всмотреться в корень «кушн-». Здесь нет суффикса -ов/-ев, который указывал бы на отчество от крестильного имени (как в случае с Ивановым). Суффикс -ин в русских фамилиях чаще всего означает «чей?»: чей сын? Чей работник? — то есть фамилия образована от прозвища или профессионального названия, оканчивающегося на -а или -я.

Наиболее вероятная версия связывает Кушнина с ремеслом. В старину «кушнарь» или «кушник» — это скорняк, меховщик, тот, кто выделывал шкуры и шил шубы, тулупы, шапки. Слово «кушна» в диалектах означало меховую шубу или просто мех. В говорах северных и сибирских областей (архангельских, вятских, пермских) «кушня» — это овчинная шуба, крытая тканью. Таким образом, родоначальник фамилии мог быть мастером по меху, либо его прозвали по характерной одежде — например, «Кушня» (человек, который всегда ходил в меховой шубе, или тот, кто её сшил). Фамилии на -ин от названий ремёсел — распространённая модель: ср. Шубин (от «шуба»), Скорняков, Тулупов.

Менее распространённая версия выводит фамилию из тюркских языков. В некоторых тюркских наречиях «куш» означает «птица», а «кушна» — уменьшительная форма, «птичка». В таком случае Кушнин мог получить прозвище за лёгкость, быстроту или за занятие птичьей охотой (ловчими птицами). Однако эта гипотеза менее состоятельна: для фамилий из тюркского корня в русском языке чаще встречаются суффиксы -ов/-ев (Кушов, Кушнарев), а форма Кушнин плотнее ложится на русскую диалектную лексику.

Географически фамилия Кушнины встречается в основном на севере и северо-востоке европейской части России: в Вологодской, Архангельской, Кировской областях, а также в Пермском крае. Это совпадает с ареалом бытования слова «кушня» (шуба) и с традиционными центрами скорняжного промысла. Встречается она и на Урале, куда переселялись ремесленники.

Таким образом, Кушнина — фамилия, скорее всего, профессиональная, от названия мастера по меху или от прозвища, данного по одежде. Предок носителя этой фамилии был скорняком, шубником или просто человеком, которого в деревне знали по его меховой одежде.