Фамилия Куштан образована от прозвища, а то — от диалектного слова «куштан». В пермских и вятских говорах так называли мотыгу, кайло или кирку землекопа. Слово живёт в тех краях до сих пор, и именно там, скорее всего, и возникла фамилия.

Значение прозвища лежит на поверхности: предок носителя фамилии либо сам работал мотыгой — обрабатывал землю, копал, — либо делал такие инструменты. В любом случае, это не книжное, не привозное имя, а бытовое, деревенское прозвище, данное по орудию труда.

Словообразование простое: основа «куштан» плюс нулевой суффикс. Фамилия застыла в форме прозвища, без типичных русских суффиксов -ов, -ев или -ин. Это редкий случай — такие фамилии обычно встречаются на Украине или в южнорусских говорах, а здесь мы видим севернорусскую диалектную основу. Можно предположить, что фамилия закрепилась именно в таком виде, без переоформления, потому что исходное прозвище было хорошо узнаваемо и не требовало дополнительных патронимических суффиксов.

Других версий происхождения, по сути, нет. Связывать «Куштан» с тюркскими или иными корнями нет оснований: слово надёжно фиксируется в русских говорах, а география фамилии (Пермский край, Кировская область) совпадает с ареалом слова. Это редкий случай, когда ономастика и диалектология сходятся без споров.