Фамилия Куштанины — редкая, и её происхождение неочевидно. Чтобы понять корень, стоит отбросить типичное для русских фамилий окончание -ин, которое указывает на принадлежность: «чей?» — Куштанин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Куштан. Основа «куштан» в русских говорах не зафиксирована как распространённое слово, поэтому логичнее всего искать в диалектах или заимствованиях.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркскими языками. В татарском и башкирском слово «куштан» (или близкое «куштанак») может означать «сосед», «совместный», «общий». В Поволжье и на Урале, где веками жили рядом русские и тюркские народы, такие прозвища давали пришлому человеку, который поселился рядом, «пристал» к общине, стал «своим». Фамилия могла закрепиться за русским, получившим тюркское прозвище от соседей, или за обрусевшим татарином.

Вторая, менее вероятная версия — от финно-угорского корня. В коми-пермяцком языке есть слово «куш» — «голый, пустой, лысый», а «тан» может быть частью топонима или личного имени. Но такое сочетание встречается редко, и доказательств мало.

Суффикс -ин типичен для фамилий, образованных от слов, оканчивающихся на -а, -я. Если бы основа звучала как «Куштан», по правилам русского языка фамилия была бы Куштанов. Форма Куштанины (с двумя «н» во множественном числе, как у дворянских родов) может говорить о том, что носители считали себя единым родом, но сама фамилия не дворянская — она крестьянская или мещанская по происхождению.

География фамилии узкая. Куштанины встречаются в основном в Пермском крае и Кировской области — как раз на стыке проживания русских, коми и татар. Это подтверждает версию о региональном, диалектном прозвище, которое не вышло за пределы Вятки и Прикамья.

Таким образом, предок носителей фамилии Куштанины, скорее всего, получил прозвище Куштан от тюркоязычных соседей за то, что жил с ними по соседству или присоединился к их хозяйству. Фамилия — немой свидетель многовекового смешения культур на восточных рубежах России.