Фамилия Кускаев — редкий случай, когда географическая привязка оказывается надёжнее этимологической. Основная масса носителей сосредоточена в Поволжье, прежде всего в Татарстане и Башкортостане. Это сразу указывает на тюркские корни. Скорее всего, фамилия образована от тюркского имени Кускай (или Кусак). В основе лежит слово «кус» — «птица», а аффикс -кай/-гай в тюркских языках — уменьшительно-ласкательный. Имя Кускай буквально значило «птичка» или «птенчик» и давалось как оберег, чтобы ребёнок рос лёгким, быстрым, как птица. Такие имена были распространены у башкир и татар до массовой христианизации и перехода на русские имена.

Русский суффикс -ев в фамилии — стандартная русификация при оформлении тюркских фамилий в документах. Он заменил собой тюркские патронимические показатели, то есть Кускаев — «сын Куская». Если бы фамилия сохранила исходную тюркскую модель, она звучала бы как Кускаев-улы или Кускай-оглы. Важно не путать с фамилией Кусков: у неё славянская основа (от слова «кусок» или прозвища Кусь), а Кускаев — иной, нерусский корень.

Встречается и вариант написания Кускайев, который лучше сохраняет исходное имя. В дореволюционных переписях фамилию могли записать на слух, поэтому в некоторых селах она закрепилась как Кускаев, в соседних — как Кускайев. Других версий происхождения, например от русского глагола «кусать», ономастика не предлагает: фонетически это возможно, но география бытования и типичность модели «тюркское имя + русский суффикс» делают такое объяснение натяжкой. Социальный статус первых носителей — скорее всего, государственные или ясачные крестьяне, реже — служилые татары, которые несли сторожевую службу на окраинах Российского государства.