Фамилия Кускарова — женская форма фамилии Кускаров, и её разбор стоит начать не с корня, а с суффикса. В русской модели фамилий на -ов/-ев, -ин притяжательный суффикс указывает на принадлежность: Кускаров — сын Кускара. Основа Кускар — это и есть ключ к происхождению.

Слово «кускар» в русских говорах не зафиксировано как нарицательное, но оно явно восходит к тюркским языкам. В башкирском и татарском «кус» означает «птица», а «кар» — снег; вместе «кускар» может быть прозвищем, данным человеку с белыми, как снег, волосами или с лёгкой, «птичьей» походкой. Однако более вероятна другая версия: в тюркской ономастике «кус» (птица) часто входит в состав личных имён-оберегов (например, Кусар), а окончание -ар могло быть аффиксом, образующим имя. Фамилия Кускаров могла возникнуть от имени Кускар — так в прошлом называли мальчика, чтобы он был быстрым или зорким, как птица.

География фамилии подсказывает её региональную привязку. Кускаровы чаще всего встречаются в Башкортостане, Татарстане и соседних областях Урала. Это указывает на тюркское или смешанное (тюркско-русское) происхождение. В XIX веке носители фамилии были, скорее всего, государственными крестьянами или тептярями — сословием, близким к башкирам, но платившим подати отдельно.

Любопытная деталь: в некоторых документах XVIII–XIX веков фамилию писали через «о» — Коскаров. Это не ошибка, а отражение аканья или местного говора, где безударный «у» произносили как нечто среднее между «о» и «у». Такая вариативность в написании — обычное дело для фамилий, записанных со слов при переписях.

Сравните с однокоренными: Кусков, Кусаров. Первая фамилия образована от «кусок» (еда или часть чего-то), вторая — тоже от тюркского корня, но с другим суффиксом. Кускаров же стоит особняком: в ней нет русского суффикса -к-, а основа напрямую сохраняет тюркское имя или прозвище. Это редкий случай, когда фамилия почти не «обрусела» фонетически.