Фамилия Кусскаев — редкий случай, когда географический корень почти наверняка перевешивает антропонимический. В ней отчетливо слышится топоним Кусска, а суффикс -ев указывает на принадлежность: «из Кусски» или «сын того, кто из Кусски». Сама основа Кусска — это, скорее всего, название реки или селения. На карте России есть река Кусска (приток Оки в Калужской области) и несколько деревень с похожими названиями в центральных регионах. Если предки носителя фамилии жили на берегу этой реки или в одноименном селе, прозвище «Кусска» и закрепилось за родом.

Модель образования проста: топоним на -а → основа Кусск- → суффикс принадлежности -ев (вариант -ов после шипящих и мягких согласных, но здесь твердая основа). Это типичная «географическая» фамилия, каких много в русском ономастиконе: Тамбовцев, Рязанцев, Москвин. Отличие Кусскаева — в редкости исходного названия: Кусска не стала крупным городом, поэтому и фамилия не получила широкого распространения.

Версия о личном имени или прозвище Кусска (от глагола «кусать» или диалектного «куска» — кусок) менее убедительна. Прозвища с корнем кус- обычно давали по поведению или внешности (Кус, Кусака), но форма с удвоенным -сс- и окончанием -ка характерна именно для гидронимов и ойконимов. Кроме того, суффикс -ев в таких случаях чаще присоединяется к основе на -а, чем к имени на согласный.

Социальный контекст фамилии — крестьянский или мещанский. Фамилии, образованные от названий мелких рек и деревень, в XIX веке получали крестьяне, переселившиеся в другое место или записанные по месту рождения при переписях. Дворянские роды с такой основой почти не встречаются: те брали фамилии от вотчин или крупных усадеб, а не от безымянных речушек.

Написание фамилии — Кусскаев — с двойной -сс- и окончанием -ев. Вариант Кусскаёв (с буквой ё) возможен, но редок и не зафиксирован в словарях. Встречается также форма Кускаев (с одной -с-), но она может быть результатом упрощения при записи или вообще самостоятельной фамилией от имени Куска (уменьшительное от Кузьма или Константин). Для точного определения корня в каждом конкретном случае нужна локальная история семьи: если предки родом из Калужской или Тульской области, версия с рекой Кусска становится основной.