Фамилия Куссев — редкая, и её происхождение неочевидно. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое в свою очередь восходит к тюркским корням. Основа «кус» в тюркских языках означает «птица». В таком случае прозвище Кус мог получить человек, имевший какое-то отношение к птицам: охотник, сокольничий, или, возможно, обладатель птичьей внешности (лёгкий, быстрый, с острым носом). Фамильный суффикс -ев указывает на русскую модель образования: «чей?» — Куссев, то есть сын или потомок Кусса.

Однако написание с удвоенной «с» — Куссев, а не Кусев — заставляет искать другое объяснение. В русской ономастике удвоение согласных часто возникает на стыке корня и суффикса или при адаптации иноязычной фамилии. Возможно, исходная форма была Кус-ев, но под влиянием немецкого или другого западного произношения (например, от немецкого Kuss — «поцелуй») согласная удвоилась. В таком случае фамилия могла принадлежать обрусевшему немцу или выходцу из Прибалтики, где фамилии с подобным звучанием встречаются чаще.

Ещё одна версия, менее вероятная, но допустимая для южных регионов: фамилия могла произойти от греческого имени Кусь (уменьшительное от Константин) или от прозвища, связанного с диалектным словом «куса» (скупец, скряга). Тогда написание с двумя «с» — это поздняя орфографическая ошибка или сознательное изменение, чтобы фамилия звучала «благороднее».

Географически фамилия Куссев встречается крайне редко, в основном на юге России и в Западной Сибири. Это говорит о том, что род, скорее всего, немногочисленный и мог возникнуть в результате миграции одной семьи. Сословная принадлежность предков неясна: фамилия могла принадлежать как крестьянам, так и мещанам или казакам — однозначных данных нет.