Фамилия Кустрина — женская форма фамилии Кустрин, и её разбор стоит начать с мужского варианта, так как именно он несёт ключ к происхождению. Основа фамилии — «Кустр-», что сразу отсылает к прозвищу или мирскому имени Кустра. В русских говорах слово «кустра» многозначно: в ряде регионов так называли неопрятного, лохматого человека (от «кудри» или «кучерявый» в искажённой форме), но есть и другая версия — кустра могло быть местным названием кустарника, то есть густых зарослей. Соответственно, предок Кустрин мог получить прозвище за внешность (взлохмаченные волосы) или за место жительства (у кустов, в чащобе).

Модель образования типична для русских фамилий: к основе на -а добавился суффикс -ин, указывающий на принадлежность. Кустрин — буквально «сын Кустры» или «человек из рода Кустры». Суффикс -ин в этой фамилии не случаен: он характерен для прозвищ и имён, оканчивающихся на -а/-я, и встречается в северных и центральных областях России. Это не дворянская фамилия с суффиксом -ов, а скорее крестьянская или посадская, что подтверждается её редкой встречаемостью.

Географически фамилия Кустрин (и Кустрина) тяготеет к Вологодской и Архангельской областям, где слово «кустра» в значении «лохматый» фиксируется в диалектных словарях. Встречаются единичные упоминания и в Поволжье, но это скорее следствие переселений. Важно отметить, что фамилия не имеет отношения к финно-угорским корням, как могло бы показаться из-за звучания: это исконно русское образование от диалектного слова.

Спорных версий две: иногда Кустрина пытаются связать с немецкой фамилией Kustrin (от города Кюстрин), но это маловероятно — русская фамилия с суффиксом -ин не могла возникнуть от топонима без адаптации, а исторических связей с этим городом у носителей фамилии не прослеживается. Более правдоподобным выглядит вариант, что в основе лежит не прозвище, а каноническое имя Кодрат (редкая форма Кондрат), но для этого перехода нет фонетических подтверждений. Так что основная версия — прозвище по внешности или месту — остаётся самой надёжной.

В целом, фамилия Кустрина — редкая и диалектная, без громкой истории. Её носители — потомки людей из северных деревень, где прозвища давали метко и без затей.