Фамилия Кутнин — редкий случай, когда суффикс -ин присоединился к основе, которую легко спутать с тюркским корнем, но скорее всего имеющей славянское происхождение. Вопреки первому впечатлению, связывать её с тюркским «кут» (счастье, благодать) или «кутан» (стойбище) не стоит: для таких фамилий характерны окончания -ов/-ев, а не -ин. Суффикс -ин в русской ономастике указывает на принадлежность к лицу женского пола или к существительному с основой на -а/-я.

Основа «Кутн-» восходит к древнерусскому прозвищу Кутня. В говорах кутня — это не только «короткая крестьянская одежда, род кафтана», но и, по Далю, «плохая, куцая одежонка». Прозвище могли дать человеку, который носил такую одежду, шил её или, в переносном смысле, был невысокого роста, «куцый». Версия с прозвищем от названия одежды — самая прямая и подтверждается моделью: Кутня → Кутнин («чей?» — сын или человек Кутни).

Менее вероятно, но допустимо, что Кутня — это вариант имени Константин в просторечной форме (Кутя, Кутей), однако суффикс -ин тогда образовал бы фамилию Кутин, а не Кутнин. Лишняя буква «н» в середине как раз и закрепляет прозвищное происхождение: она часть основы, а не суффикса.

Географически фамилия встречается в центральных областях России, особенно в бывших Владимирской и Костромской губерниях, где слово «кутня» было в ходу. Встречаются варианты написания Кутнёв (с ударением на ё) — это более поздняя форма, где суффикс -ев вытеснил -ин под влиянием общего массива фамилий на -ов/-ев. Кутнин остался в меньшинстве, что делает её особенно ценной для тех, кто ищет именно свою, нестандартную ветвь.

Кем были предки? Скорее всего, крестьяне или ремесленники, получившие прозвище по внешнему признаку (одежда) или по роду занятий (портной, торговавший кутнями). Дворянских корней у фамилии нет — она не фигурирует в родословных книгах, что только подтверждает её народное, бытовое происхождение.