Фамилия Кутынина образована по самой распространённой в русском языке модели: с помощью суффикса -ин, который указывает на принадлежность. Если фамилия Кутынин, то её женский вариант — Кутынина. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Кутыня. Что оно означало — вопрос неочевидный, и здесь стоит разобраться с корнем.

В русских говорах слово «кутыня» или «кутеня» имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах так называли небольшой закуток, угол в избе или чулан. Прозвище Кутыня могли дать человеку, который жил в тесноте, постоянно сидел дома, или, наоборот, тому, кто любил прятаться по углам. Однако есть и другая, более конкретная версия: в некоторых областях «кутыней» называли ленивого, неповоротливого человека. Третье значение связано с животным миром — так иногда в народе называли щенка или котёнка (от «кутя» — детёныш). В этом случае прозвище могло быть ласкательным или насмешливым, в зависимости от контекста.

Словообразовательная модель проста: прозвище Кутыня + суффикс -ин = «чей?» — «сын Кутыни». Фамилия Кутынин, а значит и Кутынина — типичная «патронимическая» фамилия, построенная от личного прозвища, а не от крестильного имени. Это говорит о том, что предок носителя фамилии был известен в своей общине именно под этим прозвищем, которое со временем закрепилось за его потомками.

Географически фамилия Кутынина не является однозначно привязанной к одному региону, но чаще всего встречается в центральных и северных областях России, где диалектные слова с корнем «кут» (угол, закуток) были особенно распространены. Сравните с однокоренными фамилиями Кутузов (от «кутуз» — подушка, тюфяк) или Кутепов (от «кутепа» — толстяк) — все они образованы от прозвищ, описывающих бытовые детали или внешность.

Таким образом, носитель фамилии Кутынина может предполагать, что его предок получил прозвище либо по месту жительства или характеру (домосед, «угловой» человек), либо по внешнему сходству с детёнышем животного. Вариант с ленью менее вероятен, так как прозвища с негативной оценкой обычно имели ироничный оттенок и не всегда передавались по наследству.