Фамилия Кутукина — женская форма фамилии Кутукин, и её основа не так очевидна, как может показаться. В ней нет привычного суффикса принадлежности -ов или -ин, указывающего на отца (чей? — Кутукин). Здесь работает суффикс -ин, но присоединён он к основе, которая сама по себе уже содержит редкий суффикс -ук-. Такая модель характерна для западных и южных русских земель, а также для украинского и белорусского ареалов: прозвище или имя на -ук (Кутук) давало фамилию Кутукин, то есть «сын Кутука».

Корень «кут-» многозначен, и это порождает две основных версии происхождения. Первая, самая вероятная, — от диалектного слова «кут», которое в южнорусских и украинских говорах означает «угол» или «часть избы, где стоит печь». Кутуком могли прозвать того, кто жил в углу, либо человека, который любил сидеть в тёплом, укромном месте. Вторая версия — от древнерусского имени Кутук, которое могло быть вариантом прозвищного имени Кутуз (от тюркского «кутуз» — «бешеный», «вздорный»). Однако для фамилии Кутукин связь с тюркским корнем менее убедительна: суффикс -ук в русских фамилиях чаще указывает на уменьшительно-ласкательную или прозвищную форму, а не на прямое заимствование.

Географически фамилия Кутукин встречается в основном в центральных и южных областях России, с заметной концентрацией в Курской и Белгородской областях, что подтверждает связь с южнорусским диалектным словом «кут». В социальном плане это, скорее всего, крестьянская фамилия, образованная от уличного прозвища — такие фамилии часто фиксировались в XIX веке при переписях сельского населения. Интересно, что однокоренные фамилии (Кутов, Кутасов, Кутепов) имеют разные суффиксы, и Кутукин стоит особняком благодаря редкому сочетанию -ук- + -ин, которое не встречается в массовых фамилиях вроде Иванов или Петров.