Фамилия Кутукин образована по простой и прозрачной модели: к основе «Кутук» добавили типичный русский патронимический суффикс -ин. Такая форма указывает на принадлежность: Кутукин — это «сын Кутука» или «человек из рода Кутука». Сама основа, скорее всего, является прозвищем.

Корень «кут» в русских говорах имеет несколько значений. В северных и сибирских диалектах «кут» — это угол в избе, место за печкой, а также закуток или чулан. Прозвище Кутук могли дать человеку, который жил в отдалённом углу деревни, был нелюдимым или, наоборот, занимал маленькое, тесное помещение. В некоторых областях «кут» означал и мешок, куль — тогда прозвище могло относиться к нерасторопному или неуклюжему человеку. Есть и другая версия: в основе лежит тюркское имя или прозвище Кутук, образованное от слова «кут» — счастье, благодать. Однако для русской фамилии более вероятно диалектное происхождение, так как суффикс -ин и окончание на -ук (-уков, -укин) характерны именно для русского, а не татарского именослова.

Фамилия Кутукин встречается нечасто и имеет заметную географическую привязку. По данным переписей и архивов, основная масса носителей проживает в центральных и северных областях России, особенно в Архангельской, Вологодской и Костромской губерниях. Это совпадает с ареалом бытования диалектного слова «кут». В южных и сибирских регионах фамилия фиксируется реже, что подтверждает её исконно русское, северное происхождение.

Любопытно, что фамилия Кутукин стоит в одном ряду с такими же «угловыми» прозвищными фамилиями, как Закутин, Углов, Угольников. Все они возникли из одного бытового образа — человека, связанного с углом, закутком, отдалённым местом. В отличие от более распространённых Кутузовых (тюркская основа) или Кутасовых (от «кутас» — кисть, украшение), Кутукины сохранили более простую и прямую связь с русским народным словом.