Фамилия Кузекенова — яркий пример того, как географическое положение и этническое смешение влияют на русский родовой именослов. Её основа — тюркское мужское имя Кузекен. В нём слышна уменьшительно-ласкательная форма, образованная от имени Кузебай или Кузак, что в переводе с казахского или башкирского означает «защитник», «оберег». Суффикс -кен (или -ген) в тюркских языках придаёт имени ласковый, «домашний» оттенок, примерно как русский суффикс -еньк- в имени Васенька.

Фамилия стоит в женской форме (Кузекенова), что типично для русской модели: мужская версия будет Кузекенов. По способу образования это типичный патроним: «дочь (или жена) Кузекена». В русскую традицию фамилия вошла через систему суффикса -ов/-ев, который «обрусел» тюркское имя, сделав его удобным для документов и метрик.

Региональная привязка здесь ключевая. Фамилия Кузекенов — не из центральной России, а из зоны активных русско-тюркских контактов: Оренбургская область, Башкортостан, Татарстан, север Казахстана. В этих краях в XVIII–XIX веках среди башкир, татар и казахов была распространена практика давать детям имена-обереги, и Кузекен — одно из них. Предки носителей фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками, жившими на границе степей, где тюркские имена легко входили в обиход.

Стоит отметить, что в отличие от многих фамилий на -ов, у Кузекеновой нет прозвищного следа (то есть она не от слова «кузнец» или «кузнечик»). Это чисто именная фамилия, и её корень — личное имя, а не ремесло или внешность. По этой причине фамилия не встречается в старых московских боярских списках, зато обычна в метрических книгах южноуральских приходов начала XX века.